Dự kiến vào ngày 27/12/2016, trận thứ 3 và cũng là trận cuối của vòng loại giữa 2 đại diện của Lào và Myanmar sẽ diễn ra để quyết định đội giành quyền vào bán kết gặp đội BoeungKet Angkor (đại diện Campuchia) - đội dành ngôi vị Á quân mùa Giải 2015. Trận bán kết sẽ diễn ra tại Campuchia vào ngày 31/12/2016. Tiếp theo đó, trận chung kết sẽ diễn ra lượt đi, lượt về sẽ lần lượt diễn ra vào các ngày 4 & 8/1/2017 giữa đội chiến thắng Vòng bán kết và CLB Buriram United của Thái Lan - đội đương kim vô địch mùa Giải 2015.
Bên lề Giải bóng đá Toyota các CLB vô địch Quốc gia khu vực sông Mê Kông 2016 đã diễn ra cuộc thi “Vũ điệu sân cỏ Toyota 2016” với mục đích tạo sân chơi cho các bạn sinh viên có niềm đam mê nhảy múa và yêu thích bóng đá, có cơ hội được tham gia thử sức và biểu diễn trong những chương trình thể thao quy mô lớn do công ty ô tô Toyota Việt Nam tổ chức hoặc bảo trợ. Chương trình đã nhận được sự tham gia của các bạn sinh viên đến từ 10 trường đại học tại Hà Nội và đã diễn ra suốt 1 tháng từ ngày 21/11 đến 23/12.
TMCC là một giải đấu bóng đá giữa các nước thuộc khu vực sông Mekong, khởi xướng bởi Công ty ô tô Toyota Châu Á Thái Bình Dương trong năm 2014 thuộc Dự án Bóng đá Toyota khu vực Mekong. Năm nay là năm thứ 3 của giải đấu. Chương trình được khởi nguồn từ ý tưởng kết nối những niềm đam mê và sức hút của bóng đá với khao khát của Toyota mang những chiếc xe “tốt hơn bao giờ hết” đến với khách hàng. Toyota hy vọng bóng đá được tiếp cận dễ dàng hơn với mọi người, tạo nguồn cảm hứng cho các cầu thủ và những người yêu thể thao.