Theo đó từ đầu năm đến nay, Tổng cục Thuế đã yêu cầu các đơn vị tập trung triển khai thanh tra kiểm tra thuế, chống thất thu ngân sách nhà nước, chống chuyển giá; tích cực triển khai các ứng dụng kiểm tra hồ sơ kê khai thuế, áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế để nhận diện và tập trung thanh tra, kiểm tra đối với các cơ sở kinh doanh có dấu hiệu rủi ro cao; thanh tra các doanh nghiệp có khả năng có số thu điều tiết ngân sách Trung ương lớn; tăng cường thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế, đồng thời tăng cường phối kết hợp với các cơ quan chức năng trong chống các hành vi trốn thuế, gian lận thuế, tội phạm về thuế nhằm thực hiện có hiệu quả công tác chống thất thu ngân sách.
Cơ quan thuế các cấp thực hiện thanh tra, kiểm tra 57.935 cuộc thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp và kiểm tra 354.426 hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế. Số thuế xử lý tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là 11.597,184 tỷ đồng, trong đó: tiền thuế kiến nghị thu hồi là 9.616,64 tỷ đồng; xử phạt là 1.980,544 tỷ đồng. Số thuế đã nộp ngân sách là 6.553,358 tỷ đồng.
Đặc biệt một hoạt động được chú trọng là thanh tra các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, có dấu hiệu chuyển giá. Trong 9 tháng đầu năm đã thanh tra 217 doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá và số tiền truy thu lên đến 575 tỷ đồng. Tuy nhiên như đại diện thanh tra Tổng cục Thuế thừa nhận, mặc dù đã có “vũ khí” trong tay là Nghị định 20/2017/NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thuế nhưng công tác đấu tranh chống hành vi chuyển giá vẫn còn không ít gian nan. Trước hết là về thời gian, theo thông lệ thế giới thời gian cho thanh tra hoạt động của doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thể lên đến 575 ngày thuế nhưng ở Việt Nam thường là chỉ 45 ngày và nếu có kéo dài cũng chỉ đến 70 ngày trong khi đây là hoạt động nhiều khi hết sức “lắt léo”. Thêm nữa là nhân sự cho hoạt động thanh tra này của Tổng cục Thuế rất thiếu.
Một khó khăn nữa trong công tác đấu tranh chống hành vi chuyển giá là hiện Tổng cục Thuế không được quy định chức năng điều tra do vậy phần nào làm cho cho hiệu năng công tác này không được như mong đợi. Mặt khác các dữ liệu liên quan đến quá trình đi của hàng hóa không phải là dễ có được khiến cho công tác xác định giá chuẩn là hết sức khó khăn. Rất may là Nghị định 20 mới đây đã cho phép Tổng cục Thuế được mua lại các dữ liệu này thay vì phải dò tìm trên Internet như trước đây.
Cũng tại buổi họp báo, đại diện Thanh tra Bộ Tài chính cho biết, 9 tháng đầu năm 2017, toàn ngành Tài chính đã thực hiện 67.186 cuộc thanh tra, kiểm tra; kiểm tra 354.426 hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế và 10.022 vụ bắt giữ qua điều tra chống buôn lậu; kiến nghị xử lý tài chính 13.608,274 tỷ đồng (trong đó: Phát hiện và kiến nghị thu hồi 12.470,624 tỷ đồng, kiến nghị khác 1.137,65 tỷ đồng), xử phạt vi phạm hành chính 2.225,548 tỷ đồng); số tiền đã thu nộp ngân sách là 8.928,553 tỷ đồng.
Thanh tra Bộ Tài chính nhìn nhận, trong công tác quản lý và điều hành ngân sách, tại các địa phương còn tình trạng bố trí vốn ngân sách cho dự án vượt quá thời gian quy định; chưa thực hiện giao dự toán thu ngân sách đối với một số khoản thu thuộc thẩm quyền của địa phương; chưa bố trí phần vốn đối ứng từ ngân sách tỉnh cho một số dự án được Trung ương hỗ trợ có mục tiêu; giao dự toán chi đầu tư xây dựng chưa đúng quy định dẫn đến mất cân đối không đảm bảo nguồn chi.
Trong công tác quản lý vốn đầu tư xây dựng cơ bản qua thanh tra đã phát hiện nhiều tồn tại, sai phạm như: lập và phê duyệt tổng mức đầu tư chưa chính xác; lập, phê duyệt dự toán chưa chính xác dẫn tới giá trúng thầu phải giảm trừ khối lượng; phê duyệt quyết toán, thanh toán không đúng; nghiệm thu thanh toán tăng không đúng... Công tác quản lý tài chính tại các doanh nghiệp còn tình trạng xây dựng phương án tăng vốn điều lệ không đúng với nhu cầu vốn thực tế; hạch toán thiếu doanh thu, thu nhập khác, hạch toán không đúng lợi nhuận...
Công tác điều tra chống buôn lậu của lực lượng hải quan cũng thu được nhiều kết quả. Theo đại diện thanh tra Tổng cục Hải quan, trong 9 tháng của năm 2017 các đơn vị trong toàn hệ thống đã chủ trì bắt giữ 10.022 vụ vi phạm; trị giá hàng hóa vi phạm ước tính 410,019 tỷ đồng; thu NSNN đạt 196,356 tỷ đồng, tiến hành khởi tố 30 vụ án hình sự, chuyển cơ quan khác khởi tố 48 vụ. Liên quan đến kiểm tra sau thông quan, tổng số cuộc kiểm tra đã thực hiện là 6.272; quyết định truy thu 1.531,845 tỷ đồng, trong đó ấn định thuế là 1.293,203 tỷ đồng; xử phạt vi phạm hành chinh, phạt chậm nộp 238,642 tỷ đồng; đã thực thu vào ngân sách là 756,2 tỷ đồng (bao gồm cả các khoản thu từ các kiến nghị năm trước).