Các chương trình sẽ tuyển sinh trong năm 2016 bao gồm: thạc sĩ công nghệ Nano, thạc sĩ kỹ thuật môi trường, thạc sĩ kỹ thuật hạ tầng, thạc sĩ khu vực học, thạc sĩ chính sách công, thạc sĩ quản trị kinh doanh. Mỗi chương trình sẽ tuyển sinh 20 học viên, giảng dạy bằng tiếng Anh (riêng chương trình khu vực học định hướng Nhật Bản học có ngôn ngữ giảng dạy là tiếng Nhật với học phần chuyên ngành). Tổng thời gian đào đạo 24 tháng, bao gồm 3 tháng thực tập.
Chương trình bao gồm các khối kiến thức chung, khối kiến thức cơ sở và chuyên ngành, thực tập và làm luận văn tốt nghiệp. Thí sinh cần có bằng tốt nghiệp đại học loại khá trở lên (điểm trung bình chung tích lũy GPA≥ 2.5/4.0). Năng lực ngoại ngữ tại thời điểm nộp hồ sơ tối thiểu bậc 3/6 theo khung năng lực ngoại ngữ 6 bậc áp dụng cho Việt Nam hoặc tương đương; tại thời điểm chính thức nhập học tối thiểu bậc 4/6.
Đại học Việt Nhật là mô hình phát triển mới, xây dựng trên nền tảng khoa học cơ bản và công nghệ cao, có sự liên thông, liên kết chặt chẽ với các đại học hàng đầu Nhật Bản. Trường sẽ tặng học bổng 100% dành cho học viên ưu tú. Các trường đối tác của chương trình thạc sĩ gồm: ĐH Tokyo, ĐH Osaka, ĐH Waseda, ĐH Yokohama, ĐH Tsukuba và ĐH Ritstumeikan. Bắt đầu nhận hồ sơ từ 20/2/2016 (thông tin tại địa chỉ: www.vju.vnu.edu.vn).
Các chương trình đào tạo có sự phối hợp và trực tiếp tham gia giảng dạy của những giáo sư uy tín đến từ các trường đại học thành viên của Đại học Quốc gia Hà Nội, các trường đại học hàng đầu Nhật Bản và quốc tế. Học viên trong các chương trình thạc sĩ này sẽ có cơ hội tham gia kỳ thực tập tới ba tháng tại Nhật Bản với các hoạt động học tập, thực hành và nghiên cứu cùng các giáo sư uy tín, sau khi tốt nghiệp có thể học tiến sĩ tại các trường hàng đầu Nhật Bản và thế giới.
Tốt nghiệp các chương trình đào tạo này, học viên có thể đáp ứng yêu cầu đầu vào của các chương trình đào tạo tiến sĩ tại các trường đại học danh tiếng trên thế giới, trong đó trước hết là các trường đại học của Nhật Bản và có thể đáp ứng yêu cầu cao về nguồn nhân lực cho các cơ quan chính phủ, các tổ chức và doanh nghiệp ở trong và ngoài nước, đặc biệt là các doanh nghiệp Nhật Bản đang đầu tư kinh doanh tại Việt Nam.