Dự thảo nêu rõ các hành vi bị nghiêm cấm tại cửa khẩu cảng gồm: Xây dựng, lắp đặt trái phép các công trình, thiết bị hoặc có hành vi gây tổn hại đến sự an toàn của công trình hàng hải; Thải, nhấn chìm hay chôn lấp các loại chất độc hại, chất thải công nghiệp, chất thải hạt nhân hoặc các loại chất thải độc hại khác gây ô nhiễm môi trường; vận chuyển, bắn, phóng, thả các chất gây hại hoặc có nguy cơ gây hại cho quốc phòng, an ninh, kinh tế, sức khỏe của con người, môi trường, an toàn xã hội; Tổ chức, chứa chấp, dẫn đường, chuyên chở người xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh trái phép.
Bên cạnh đó, cấm: Luyện tập, diễn tập với bất kỳ kiểu, loại vũ khí nào, dưới bất kỳ hình thức nào khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam; Phóng đi, tiếp nhận hay xếp lên tàu thuyền bất kỳ phương tiện bay hay vũ khí, khí tài quân sự mà chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam; Mua bán, trao đổi, tàng trữ, vận chuyển, sử dụng trái phép vũ khí, chất cháy, chất nổ, chất độc hại, ma túy, hàng hóa, vật phẩm cấm lưu hành, kim khí quý, đá quý, ngoại hối; đưa người, hàng hóa lên tàu thuyền hoặc từ tàu thuyền xuống trái phép; Cập mạn tàu khác, đi vào khu vực cấm khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam...
Theo dự thảo, thủ tục biên phòng được thực hiện theo một trong hai cách thức: Cách thức điện tử và thủ công. Đối với cách thức điện tử, người làm thủ tục và Biên phòng cửa khẩu cảng thực hiện Thủ tục biên phòng thông qua các bản khai điện tử trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử cảng biển theo quy định của pháp luật về Cơ chế một cửa quốc gia và Thủ tục biên phòng điện tử cảng biển.
Đối với cách thức thủ công: Người làm thủ tục và Biên phòng cửa khẩu cảng thực hiện Thủ tục biên phòng thông qua các bản khai giấy.
Kiểm tra, giám sát biên phòng
Đối tượng kiểm tra, giám sát biên phòng gồm: Tàu thuyền Việt Nam xuất cảnh, nhập cảnh; tàu thuyền nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, chuyển cảng; tàu thuyền Việt Nam hoạt động tuyến nội địa trong phạm vi cửa khẩu cảng; các phương tiện khác của Việt Nam và nước ngoài ra vào, hoạt động tại cửa khẩu cảng; tàu thuyền nước ngoài vào neo đậu, sửa chữa tại các cơ sở đóng mới, cải hoán hoặc sửa chữa tàu biển ngoài phạm vi cửa khẩu cảng; người Việt Nam và nước ngoài ra vào, hoạt động tại cửa khẩu cảng…
Việc kiểm tra, giám sát biên phòng tập trung vào kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của các loại giấy tờ, bản khai điện tử, bản khai giấy mà người làm thủ tục khai báo, nộp, xuất trình; giấy tờ của người, tàu thuyền và các phương tiện khác ra vào, hoạt động tại cửa khẩu cảng; kiểm tra thuyền viên, hành khách thực tế trên tàu thuyền; kiểm tra, giám sát hoạt động của người, tàu thuyền và các phương tiện khác của Việt Nam, nước ngoài ra vào, hoạt động tại cửa khẩu cảng.
Về các biện pháp kiểm tra, giám sát, dự thảo nêu rõ, kiểm tra, đối chiếu thông tin khai báo trong các bản khai điện tử, bản khai giấy do người làm thủ tục nộp và xuất trình để phát hiện và xử lý các trường hợp vi phạm theo quy định của pháp luật; Kiểm tra, kiểm soát giấy tờ đối với người, tàu thuyền và các phương tiện khác ra vào, hoạt động tại cửa khẩu cảng.
Kiểm tra, giám sát trực tiếp tại tàu thuyền trong các trường hợp: Tàu chở khách du lịch; Tàu thuyền có dấu hiệu rõ ràng vi phạm pháp luật và trong trường hợp cần thiết để bảo đảm quốc phòng, an ninh, trật tự an toàn xã hội, phòng, chống dịch bệnh; Có người trốn trên tàu thuyền; Có căn cứ xác định thông tin khai báo về tàu thuyền, thuyền viên, hành khách không đầy đủ, không chính xác;
Đồn trưởng đồn Biên phòng cửa khẩu cảng, Chỉ huy trưởng Biên phòng cửa khẩu cảng quyết định việc thực hiện kiểm tra, giám sát trực tiếp tại tàu thuyền và phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình.